با توجه به اهمیت ذخایر میکروبی و فرآورده‏‏های بیولوژیک حاصل از آنها در اقتصاد بخش کشاورز‏ی و توسعه پایدار، کلکسیون میکروارگانیسم‏‏های تخصصی کشاورزی بر اساس شرح وظایف مندرج در اساسنامه پژوهشکده بیوتکنولوژ‏ی کشاورز‏ی در بخش بیوتکنولوژی میکروبی در سال 1382 تأسیس شد. این کلکسیون  از سال 2003 میلادی به عضویت فدراسیون بین المللی کلکسیون‏‏های میکروبی درآمد. اهداف عمده کلکسیون حفظ و نگهداری ذخایر میکروبی مورد استفاده در بخش کشاورزی، ارائه خدمات شناسایی مولکولی و تعیین ویژگی‏‏های بیوشیمیایی انواع میکروارگانیسم‏‏ ها به پژوهشگران، و توسعه روش ‏‏های کارآمد در حفظ ذخایر میکروبی می‏‏باشد. در حال حاضر مجموعه بسیار متنوعی از باکتری‏‏ها، قارچ‏‏ها و ریزجلبک‏‏ها در این کلکسیون ثبت شده است.