اهداف و وظايف اساسي:

• سياست گذاري و تعيين اولويت هاي تحقيقات فن آوريهاي نوين، مهندسي ژنتيك، زيست شناسي مولكولي و علوم وابسته با هماهنگي و همكاري واحدهاي مربوطه.

• تهيه و بهينه‌سازي طرح جامع بيوتكنولوژي كشاورزي جمهوري اسلامي ايران

• انجام تحقيقات بنيادي و كاربردي زيست فناوري در جهت حل مشكلات بخش كشاورزي و بهبود كيفي و كمي محصولات كشاورزي

• تحقيق در زمينه روش‏هاي جديد بيوتكنولوژي و كاربرد آنها از جنبه‏هاي اقتصادي- اجتماعي، فرهنگي و اخلاقي، مسائل زيست محيطي و زيست ايمني و قابليت اجراي آنها در ايران

• پژوهش در زمينه شناخت مواد اوليه، امكانات و استعدادهاي قابل بهره برداري با استفاده از روشهاي زيست شناسي مولكولي، بيوتكنولوژي و مهندسي ژنتيك، نانوتكنولوژي، علوم هسته اي كشاورزي و هوافضا كشاورزي در كشور.

• پژوهش در زمينه بهبود فرآورده ها و عمليات كشاورزي با استفاده از فن‏آوري زيستي و تلاش در جهت استفاده از اين فناوري به منظور تامين سلامت بيشتر محيط زيست.

• هدايت ، تصويب و نظارت بر اجراي تحقيقات فن‏آوريهاي نوين پژوهشکده و مناطق وابسته.

• ثبت اختراعات، اكتشافات و ابداعات مرتبط با تحقيقات فن آوريهاي نوين كشاورزي در مراجع داخلي و اخذ امتياز در كشورهاي مختلف.

• حفظ حقوق متقابل (تعيين حقوق مالكيت معنوي) پژوهشکده و افرادي كه به نحوي با اين پژوهشکده در ارتباط هستند.

• بررسي و اعلام نظر در خصوص پيش نويس معاهدات بين‏ المللي كه به نحوي با حقوق مالكيت معنوي كشاورزي و فن آوريهاي نوين مرتبط هستند و تهيه نظريه كارشناسي و ارائه آن به مراجع ذيربط.

• پژوهش در مورد جنبه هاي ايمني زيستي، اجتماعي، اخلاقي، فرهنگي و مذهبي كاربرد فن‏آوري زيستي و فن‏آوريهاي جديد در زمينه كشاورزي

• همكاري و ارتباط مستمر با موسسات مشابه، ساير موسسات تحقيقاتي تحت پوشش سازمان تحقيقات و آموزش كشاورزي، دانشگاهها و ساير مراكز علمي داخلي، خارجي و بين‏ المللي از طريق تبادل اطلاعات، اجراي طرحهاي تحقيقاتي مشترك و بازديد و تشكيل گردهمائي ها و نشست هاي مشترك و غيره.

 • بررسي و ارائه نظرات كارشناسي درخصوص خريد و انتقال دانش فني فناوري‌هاي نوين به داخل

• تشويق بخش خصوصي به سرمايه گذاري و تامين آزمايشگاههاي فن‏آوريهاي نوين كشاورزي و ارائه خدمات و نظارت عاليه بر حسن انجام امور.

• برنامه‏ ريزي در مورد ايمني زيستي

• انجام هر نوع تحقيقات مهندسي ژنتيك (گياهان و جانوران و ريزسازواره‏ ها) با رعايت ملاحظات ايمني زيستي به طور انحصاري

• همكاري در زمينه عقد قرارداد، تفاهم ‏نامه و همكاري جهت اجراي پروژه‏ هاي مشترك (در زمينه‏ بيوتكنولوژي كشاورزي و ساير موارد مرتبط با اهداف پژوهشكده) با موسسات مرتبط داخلي و خارجي

 • ارتقاء و هدايت كاربردي تحقيقات بيوتكنولوژي در ساير موسسات وزارت جهاد كشاورزي

• تفويض برخي تحقيقات بيوتكنولوژي با نظارت پژوهشكده به ساير موسسات تحقيقاتي

 • نظارت بر انجام تحقيقات بيوتكنولوژي در سازمان تحقيقات و آموزش كشاورزي براي جلوگيري از هدر رفتن نيرو و امكانات

• نظارت بر نحوه اجراي سياست‏هاي متخذه در خصوص نحوه اجراي قوانين و مقررات ملي و بين‏ المللي مورد پذيرش دولت جمهوري اسلامي ايران كه به نحوي به فعاليت‏هاي بيوتكنولوژي کشاورزي (در سطح ملي يا بين ‏المللي) مرتبط است

• همكاري در تربيت نيروي انساني متخصص براي توسعه تحقيقات بيوتكنولوژي

• ارائه خدمات مشاوره اي به اشخاص حقيقي و حقوقي بر اساس نتايج فعاليت هاي علمي و پژوهشي انجام شده در پژوهشکده

• فعاليت در جهت هماهنگ نمودن پژوهش هاي ژنتيكي كشور همراه با سيستم پيش آگاهي در منابع ژنتيك كشاورزي.

• تهيه و تصويب دستورالعملها براي سلامت تحقيقات و توليدات ارگانيسم يا گياهاني كه مواد ژنتيكي آنها تغيير يافته با هماهنگي شوراي عالي سياست گذاري.

• تحقيق و بررسي در زمينه اثرات كارهاي پژوهشي كه به افزايش توليد در سطح كشور منجر شده است.