پژوهشکده بیوتکنولوژی کشاورزی وابسته به وزارت جهاد کشاورزی و به موجب مجوز شماره   1197/22 مورخ 27/03/1379شورای گسترش آموزش عالی  تاسیس و طبق مفاد اساسنامه و قوانین و مقررات مربوط زیر نظر هیات امنای مستقل اداره می شود.مقدمات راه اندازی پژوهشکده با ایجاد بخش تحقیقاتی "بیوتکنولوژی کشاورزی" در موسسه اصلاح وتهیه نهال و بذر در کرج آغاز و در سال 1378 با تصویب شورای عالی سیاستگذاری وزارت کشاورزی ،بخش تحقیقات بیوتکنولوژی از موسسه تحقیقات اصلاح و تهیه نهال و بذر منفک و به یک پژوهشکده مستقل تبدیل گردید.در همان سال اولین بخش تحقیقاتی تحت عنوان "ژنومیکس" راه اندازی و در سال 1379 ، مجوز قطعی پژوهشکده بیوتکنولوژی کشاورزی از شورای گسترش آموزش عالی وزارت علوم ،تحقیقات و فناوری اخذ و به دنبال آن بخش های تحقیقاتی " فیزیولوژی ،بیوشیمی و پروتئومیکس " و"کشت بافت و انتقال ژن" و"ریزسازواره ها و ایمنی  زیستی " راه اندازی گردیدند.با عنایت به نیاز کشور و نو بودن  تحقیقات بیوتکنولوژی در ایران به منظور توسعه فعالیت های پژوهشی  و توانمند سازی پژوهشکده در جهت تامین بخشی از نیازهای بخش کشاورزی و رفع مشکلات ، در مناطق مختلف کشور ،سه مدیریت منطقه ای تحت عنوان مدیریت "منطقه شمالغرب و غرب کشور"به مرکزیت تبریز و با محوریت تحقیقات  بیوتکنولوژی صنایع غذایی و "منطقه مرکزی کشور" به مرکزیت اصفهان با محوریت تحقیقات بیوتکنولوژی گیاهان دارویی و  متابولیتهای ثانویه در سال 1383 و پژوهشکده"منطقه شمال کشور" به مرکزیت رشت با زمینه تحقیقاتی مربوط به بیوتکنولوژی دام و طیور ،آبزیان در سال 1385 با حضور وزیر جهاد کشاورزی راه اندازی شدند. با تصویب چارت تشکیلاتی و مجموعه تشکیلات تفصیلی پژوهشکده در سال 1386 و ابلاغ آن از سوی معاونت برنامه ریزی و نظارت راهبردی و تائید آن در چهارمین جلسه هیات امنا تشکیلات مناطق یاد شده و بخشهای تحقیقاتی نانو تکنولوژی،بیوانفورماتیک،هسته ای کشاورزی،و مدیریت تحقیق و توسعه نیز مصوب گردید.